حدد عدد من الضمانات لحماية حقوق المواطنين وحماية بياناتهم الشخصية وعدم المساس بها أو إفشائها، حيث نصت المادة 64 على ضرورة الحصول على البيانات الشخصية للمواطنين وفقاً للقواعد والإجراءات المنصوص عليها في هذا القانون، ولا يجوز أن تتضمن تلك البيانات أية معلومات تتعلق بالميول أو المعتقدات السياسية أو السوابق الجنائية إلا في الأحوال التي يحددها القانون.
وبحسب المادة 65، تلتزم مصلحة الأحوال المدنية باتخاذ كافة التدابير اللازمة لتأمين البيانات الشخصية والمجمعة المخزنة بالحاسبات الآلية أو بوسائط التخزين الملحقة بها ضد أي اختراق أو عبث أو إطلاع أو إفشاء أو تدمير، كما يجب أن يتم ذلك في غير الأحوال التي نص عليها القانون ووفقاً للإجراءات المنصوص عليها فيه.
جدير بالذكر أن المادة 1 بالقانون تنص على أن تتولى مصلحة الأحوال المدنية تنفيذ أحكام هذا القانون ولوزير الداخلية إصدار القرارات اللازمة بإنشاء مراكز معلومات للأحوال المدنية، بالإضافة إلى محطات للإصدار الآلي لبطاقات إثبات الشخصية ووثائق الأحوال المدنية وأقسام ووحدات سجل مدني في الجهات التي يعينها، فيما تنص المادة 2 على ضرورة إنشاء مصلحة الأحوال المدنية قاعدة قومية لبيانات المواطنين تشمل سجلاً خاصاً لكل مواطن يميزه رقم قومي منذ ميلاده وطوال حياته ولا يتكرر حتى بعد وفاته، وتلتزم جميع الجهات بالتعامل مع المواطن من خلال هذا الرقم.